En la facultad se imparten dos másteres oficiales que ofrecen una formación avanzada y multidisciplinar en los ámbitos de Sostenibilidad ambiental en el desarrollo local y territorial y de Nanociencia y Nanotecnología Molecular. También participa en el Máster Universitario en Profesor de Educación Secundaria, impartiendo la especialidad de Biología y Geología.
También ofrecemos programas de doctorado, que permiten al alumno adquirir la capacidad para trabajar en el ámbito de la investigación científica y aplicada como el "Doctorado Ingeniería Química y Ambiental" y el de "Ciencias Agrarias y Ambientales", integrado este último por varios centros de la UCLM, aunando esfuerzos personales y materiales para una oferta de la máxima calidad y garantía.